雖然甜菜堿和肉堿在結(jié)構(gòu)上相似，且都可以由哺乳動物體內(nèi)合成，但是它們的代謝途徑有所不同。

甜菜堿在動物體內(nèi)大量生物合成反應(yīng)中起到提供甲基基團的作用，完整的甜菜堿還可以作為某些特定類型的細胞滲透壓保護劑。肉堿不能被哺乳動物體內(nèi)的酶所分解，其作為有機酸穿過生物膜運輸過程中的輔助因子，主要是在運輸長鏈脂肪酸進入線粒體膜時發(fā)揮運輸作用。

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